Σύμφωνα με τις ομολογίες 3 μελών της συμμορίας Γκερέρος Ουνίδος που συνελήφθησαν σχετικά με την υπόθεση, οι φοιτητές απήχθησαν, δολοφονήθηκαν και στη συνέχεια τα πτώματά τους κάηκαν ώστε να εξαφανιστούν οποιαδήποτε αποδεικτικά στοιχεία. Μετά την αποτέφρωση των πτωμάτων, οι δράστες πέταξαν ό,τι απέμεινε σε ένα ποτάμι.
Οι Μεξικανικές αρχές ανακοίνωσαν την Κυριακή ότι βάσει των μέχρι στιγμής αποδεικτικών στοιχείων και των αποτελεσμάτων των εξετάσεων DNA που πραγματοποιήθηκαν, επιβεβαιώνεται ότι μέλη συμμορίας ναρκωτικών έκαψαν τα πτώματα των 43 φοιτητών, οι οποίοι είχαν απαχθεί πριν από 10 εβδομάδες.
Ο Γενικός Εισαγγελέας της χώρας, Χεσούς Μουρίγιο, δήλωσε σε δημοσιογράφους ότι ειδικοί στην Αυστρία εξέτασαν ένα θραύσμα κόκαλου και κατέληξαν στο συμπέρασμα ότι αυτό ανήκε σε έναν από τους φοιτητές.
«Αυτά τα επιστημονικά στοιχεία επιβεβαιώνουν ότι τα λείψανα που βρέθηκαν σχετίζονται άμεσα με τα στοιχεία της έρευνας», δήλωσε ο Μουρίγιο. «Θα συνεχίσουμε τις έρευνες έως ότου συλληφθούν οι ένοχοι».
Ωστόσο, οι γονείς των αγνοουμένων φοιτητών αρνήθηκαν να αποδεχτούν τα όσα ανακοίνωσε η κυβέρνηση και σε συγκέντρωση διαμαρτυρίας που πραγματοποίησαν στην Πόλη του Μεξικού το Σάββατο το βράδυ είπαν ότι απαιτούν περισσότερες απαντήσεις, ακόμη και μετά την ανακοίνωση των αποτελεσμάτων των εξετάσεων DNA.
Η υπόθεση έχει προκαλέσει μαζικές και ορισμένες φορές βίαιες διαδηλώσεις στο Μεξικό. Ο Μουρίγιο δήλωσε ότι 80 άτομα έχουν συλληφθεί σε σχέση με την υπόθεση, συμπεριλαμβανομένου του δημάρχου της πόλης Ιγκουάλα και της συζύγου του, οι οποίοι κατηγορούνται ότι έδωσαν εντολή σε αστυνομικούς να απαγάγουν τους φοιτητές επειδή αυτοί είχαν πραγματοποιήσει διαδήλωση στην πόλη του. Ο Μουρίγιο υποσχέθηκε ότι οι αρχές θα προβούν σε περισσότερες συλλήψεις, μεταξύ των οποίων θα είναι και 16 αστυνομικοί οι οποίοι έχουν δραπετεύσει.
Κατά τη διάρκεια της έρευνας για τον εντοπισμό των αγνοουμένων φοιτητών, δεκάδες άλλα πτώματα ανακαλύφθηκαν σε μαζικούς τάφους. Τουλάχιστον 100.000 άνθρωποι έχουν σκοτωθεί στο Μεξικό από το 2007 εξαιτίας επεισοδίων βίας που σχετίζονται με συμμορίες οργανωμένου εγκλήματος.