Ο Πάπας Φραγκίσκος ξεκίνησε την πρώτη ημέρα της επίσκεψής του στην Κύπρο συναντώντας ηγέτες της Ορθόδοξης Εκκλησίας, της μεγαλύτερης χριστιανικής κοινότητας στο νησί. Ο Φραγκίσκος εξέφρασε ξανά την επιθυμία για τελική ενότητα μεταξύ των ανατολικών και δυτικών παρακλαδιών του Χριστιανισμού, που έχουν χωριστεί από το 1054.
Υπάρχουν 38.000 Καθολικοί στο νησί, που αποτελούν περίπου το 4,7% του πληθυσμού.
Ο Πάπας λειτούργησε στο στάδιο της Λευκωσίας όπου πολλοί από τους 10.000 πιστούς που συμμετείχαν ήταν Φιλιππινέζοι που εργάζονται στην Κύπρο, κυρίως ως οικονόμοι. Οι Φιλιππίνες είναι η μεγαλύτερη καθολική χώρα της Ασίας.
Ο Πάπας Φραγκίσκος επισκέφθηκε μόνο τα ελεύθερα εδάφη του νησιού, που ελέγχονται από τη διεθνώς αναγνωρισμένη κυπριακή κυβέρνηση.
Λίγο μετά την άφιξη του Πάπα την Πέμπτη, ο ηγέτης της αυτοαποκαλούμενης «Τουρκικής Δημοκρατίας της Βόρειας Κύπρου» (ψευδοκράτος) κάλεσε τον Φραγκίσκο «με τα πιο ειλικρινή αισθήματα» να επισκεφθεί και την κατεχόμενη πλευρά του νησιού.
Στη συνάντησή του με τον Πάπα, ο Ορθόδοξος Αρχιεπίσκοπος Κύπρου Χρυσόστομος Β’ επιτέθηκε στην Τουρκία.
Πολλοί χριστιανικοί χώροι λατρείας μετατράπηκαν σε τζαμιά, ανεκτίμητες εικόνες και κειμήλια μεταφέρθηκαν λαθραία στο εξωτερικό και τα τοπωνύμια άλλαξαν στον απόηχο της τουρκικής εισβολής του 1974.
«Όχι μόνο μιμήθηκαν τον αιμοδιψή Αττίλα, αλλά τον ξεπέρασαν», είπε ο Χρυσόστομος στον Φραγκίσκο, αναφερόμενος σε έναν ηγεμόνα των Ούννων του πέμπτου αιώνα και εχθρό του Χριστιανισμού, του οποίου το όνομα έδωσαν οι Τούρκοι στην επιχείρηση εισβολή τους στην Κύπρο.
Τουρκική εισβολή στην Κύπρο το 1974. Tουρκικά: Kıbrıs Barış Harekâtı, Επιχείρηση ειρήνευσης Κύπρου ή τουρκικά: Atilla Harekâtı, Επιχείρηση Αττίλας.
«Σε αυτόν τον ιερό και δίκαιο αγώνα… θα θέλαμε την ενεργή στήριξή σας», είπε ο Χρυσόστομος.
Ο Φραγκίσκος ζήτησε την επιστροφή των ιερών αντικειμένων στους νόμιμους ιδιοκτήτες τους.
Οι σχέσεις του Βατικανού με την κυρίως μουσουλμανική Τουρκία, την οποία επισκέφθηκε ο Πάπας το 2014, υπήρξαν μερικές φορές δύσκολες.
Πέρυσι ο Πάπας είπε ότι «πόνεσε βαθιά» η απόφαση της Τουρκίας να μετατρέψει σε τζαμί το μουσείο της Αγίας Σοφίας της Κωνσταντινούπολης, το οποίο κάποτε ήταν χριστιανικός καθεδρικός ναός.
Το 2015 ο Πάπας εξόργισε την Τουρκία όταν είπε ότι η δολοφονία έως και 1,5 εκατομμυρίου Αρμενίων στον Πρώτο Παγκόσμιο Πόλεμο ήταν «η πρώτη γενοκτονία του 20ού αιώνα».
Η Τουρκία, η οποία αρνείται τις κατηγορίες για γενοκτονία, ανακάλεσε τον πρεσβευτή της στο Βατικανό σε ένδειξη διαμαρτυρίας.