Η Βασίλισσα Ελισάβετ υποστήριζε την αποχώρηση του Ηνωμένου Βασιλείου από την Ευρωπαϊκή Ένωση.
Η θέση της Βασίλισσας για το δημοψήφισμα της 23ης Ιουνίου είχε γίνει αντικείμενο εικασιών, καθώς η βασιλική οικογένεια δεν είχε πάρει επίσημα θέση, προτιμώντας να κρατήσει ουδέτερη και ενωτική στάση.
Ωστόσο, σύμφωνα με πληροφορίες της πολιτικής συντάκτριας του BBC – τις οποίες και αναδημοσιεύουν τα βρετανικά δίκτυα, η Βασίλισσα Ελισάβετ είχε ταχθεί υπέρ του Brexit.
Τον Μάρτιο του 2016 η εφημερίδα «The Sun» είχε κυκλοφορήσει με σχετικό τίτλο, ο οποίος δεν επιβεβαιώθηκε από το παλάτι, ωστόσο η δημοσιογράφος Laura Kuenssberg ανέφερε πως γνώριζε την πληροφορία πολλούς μήνες νωρίτερα.
Ειδικότερα, η Ελισάβετ φέρεται να είχε δηλώσει σε ιδιωτικό δείπνο πως δεν αντιλαμβάνεται γιατί η Βρετανία δε μπορεί απλώς να αποχωρήσει από την Ε.Ε..